净化车间的布局不仅要方便各生产环节的相互连接，还要方便加工过程的卫生控制，防止生产过程中交叉污染的发生。食品加工过程基本上是从原料-→半成品-→成品的过程，也就是从非清洁到清洁的过程。所以，加工车间的生产原则上应按产品加工的顺序排列，从产品加工从清洗环节过渡到清洗环节，加工过程不允许交叉或倒流。

清洁区域与不清洁区域之间应采取相应的隔离措施，控制彼此间的人流、物流，避免交叉污染，产品的运输应采用传送窗。在车间适当的地方，设置工具清洗、消毒室，配置工具清洗、消毒用清洗槽、消毒槽和漂洗槽，必要时有冷热水供应，热水温度不得低于82℃。